公开(公告)号：US20060161355A1

公开(公告)日：2006-07-20

申请号：US11251385

申请日：2005-10-14

申请人： Robert Lipshutz ,  Michael Walker

发明人： Robert Lipshutz ,  Michael Walker

IPC分类号： G06F19/00

CPC分类号： C12Q1/6837 ,  C12Q1/68 ,  G16B25/00 ,  Y10S435/973

摘要： A computer system for analyzing nucleic acid sequences is provided The computer system is used to calculate probabilities for determining unknown bases by analyzing the fluorescence intensities of hybridized nucleic acid probes on biological chips Additionally, information from multiple experiments is utilized to improve the accuracy of calling unknown bases

摘要翻译： 提供了用于分析核酸序列的计算机系统计算机系统用于通过分析生物芯片上杂交的核酸探针的荧光强度来计算用于确定未知碱基的概率。另外，来自多个实验的信息被用于提高呼叫未知的准确度 基地

公开(公告)号：US20050250199A1

公开(公告)日：2005-11-10

申请号：US11010841

申请日：2004-12-13

申请人： Rolfe Anderson ,  Robert Lipshutz ,  Richard Rava ,  Stephen Fodor

发明人： Rolfe Anderson ,  Robert Lipshutz ,  Richard Rava ,  Stephen Fodor

IPC分类号： C12N15/09 ,  B01F11/00 ,  B01F11/02 ,  B01F13/00 ,  B01F13/08 ,  B01F15/02 ,  B01L3/00 ,  B01L7/00 ,  C12M1/34 ,  C12N1/00 ,  G01N35/00 ,  G01N35/10

CPC分类号： B01F15/0201 ,  B01F11/0071 ,  B01F11/0266 ,  B01F13/005 ,  B01F13/0059 ,  B01F13/08 ,  B01F15/0238 ,  B01F2215/0037 ,  B01F2215/0073 ,  B01L3/5027 ,  B01L3/502715 ,  B01L3/502723 ,  B01L3/50273 ,  B01L3/502738 ,  B01L3/502746 ,  B01L3/502753 ,  B01L3/502784 ,  B01L7/52 ,  B01L9/527 ,  B01L2200/0621 ,  B01L2200/0684 ,  B01L2200/10 ,  B01L2300/087 ,  B01L2300/0883 ,  B01L2300/16 ,  B01L2400/0415 ,  B01L2400/0421 ,  B01L2400/0487 ,  B01L2400/049 ,  B01L2400/084 ,  B01L2400/086 ,  G01N35/1095 ,  G01N2035/00158 ,  Y10T436/11 ,  Y10T436/118339 ,  Y10T436/25 ,  Y10T436/25375 ,  Y10T436/2575

摘要： The present invention provides a miniaturized integrated nucleic acid diagnostic device and system. The device of the invention is generally capable of performing one or more sample acquisition and preparation operations, in combination with one or more sample analysis operations. For example, the device can integrate several or all of the operations involved in sample acquisition and storage, sample preparation and sample analysis, within a single integrated unit. The device is useful in a variety of applications, and most notably, nucleic acid based diagnostic applications and de novo sequencing applications.

摘要翻译： 本发明提供了一种小型化的综合核酸诊断装置和系统。 本发明的装置通常能够结合一个或多个样品分析操作来执行一个或多个样品采集和制备操作。 例如，该设备可以在单个集成单元中集成样品采集和存储，样品制备和样品分析中涉及的几个或全部操作。 该装置可用于各种应用，尤其是基于核酸的诊断应用和从头测序应用。

公开(公告)号：US20050186581A1

公开(公告)日：2005-08-25

申请号：US10791373

申请日：2004-03-01

申请人： Mark Chee ,  Chunwei Wang ,  Luis Jevons ,  Derek Bernhart ,  Robert Lipshutz

发明人： Mark Chee ,  Chunwei Wang ,  Luis Jevons ,  Derek Bernhart ,  Robert Lipshutz

IPC分类号： B01J19/00 ,  C12Q1/68 ,  C12Q1/6827 ,  C12Q1/6874 ,  C40B40/06 ,  C40B60/14 ,  G01N15/14 ,  G06F19/20 ,  G06F19/22 ,  C12Q1/70 ,  G06F19/00 ,  G01N33/48 ,  G01N33/50

CPC分类号： B82Y30/00 ,  B01J19/0046 ,  B01J2219/00432 ,  B01J2219/00529 ,  B01J2219/00608 ,  B01J2219/0061 ,  B01J2219/00612 ,  B01J2219/00617 ,  B01J2219/00626 ,  B01J2219/00659 ,  B01J2219/00689 ,  B01J2219/00695 ,  B01J2219/00711 ,  B01J2219/00722 ,  C12Q1/68 ,  C12Q1/6827 ,  C12Q1/6874 ,  C40B40/06 ,  C40B60/14 ,  G01N15/1475 ,  G16B25/00 ,  G16B30/00

摘要： A computer system for analyzing nucleic acid sequences is provided. The computer system is used to perform multiple methods for determining unknown bases by analyzing the fluorescence intensities of hybridized nucleic acid probes. The results of individual experiments are improved by processing nucleic acid sequences together. Comparative analysis of multiple experiments is also provided by displaying reference sequences in one area and sample sequences in another area on a display device.

摘要翻译： 提供了用于分析核酸序列的计算机系统。 计算机系统用于通过分析杂交的核酸探针的荧光强度来执行用于确定未知碱基的多种方法。 通过一起处理核酸序列来改进单个实验的结果。 还通过在一个区域中显示参考序列和在显示装置的另一个区域中的样本序列来提供多个实验的比较分析。

公开(公告)号：US20050100946A1

公开(公告)日：2005-05-12

申请号：US10997522

申请日：2004-11-24

申请人： Robert Lipshutz ,  Richard Rava ,  Rolfe Anderson

发明人： Robert Lipshutz ,  Richard Rava ,  Rolfe Anderson

IPC分类号： B01F11/02 ,  B01F13/00 ,  B01F13/08 ,  B01L3/00 ,  B01L7/00 ,  C12Q1/68 ,  C12M1/34

CPC分类号： B01L7/52 ,  B01F11/0266 ,  B01F13/005 ,  B01F13/0059 ,  B01F13/08 ,  B01F2215/0037 ,  B01F2215/0073 ,  B01L3/5027 ,  B01L3/502715 ,  B01L3/50273 ,  B01L2200/0621 ,  B01L2200/10 ,  B01L2300/16 ,  B01L2400/0415 ,  B01L2400/0421 ,  B01L2400/0487

摘要： The present invention provides a miniaturized integrated nucleic acid diagnostic device and system. The device of the invention is generally capable of performing one or more sample acquisition and preparation operations, in combination with one or more sample analysis operations. For example, the device can integrate several or all of the operations involved in sample acquisition and storage, sample preparation and sample analysis, within a single integrated unit. The device is useful in a variety of applications, and most notably, nucleic acid based diagnostic applications and de novo sequencing applications.

摘要翻译： 本发明提供了一种小型化的综合核酸诊断装置和系统。 本发明的装置通常能够结合一个或多个样品分析操作来执行一个或多个样品采集和制备操作。 例如，该设备可以在单个集成单元中集成样品采集和存储，样品制备和样品分析中涉及的几个或全部操作。 该装置可用于各种应用，尤其是基于核酸的诊断应用和从头测序应用。

公开(公告)号：US20070054286A1

公开(公告)日：2007-03-08

申请号：US11401482

申请日：2006-04-11

申请人： Maureen Cronin ,  Charles Miyada ,  Earl Hubbell ,  Mark Chee ,  Stephen Fodor ,  Xiaohua Huang ,  Robert Lipshutz ,  Peter Lobban ,  MacDonald Morris ,  Edward Sheldon

发明人： Maureen Cronin ,  Charles Miyada ,  Earl Hubbell ,  Mark Chee ,  Stephen Fodor ,  Xiaohua Huang ,  Robert Lipshutz ,  Peter Lobban ,  MacDonald Morris ,  Edward Sheldon

IPC分类号： C12Q1/68 ,  G06F19/00

CPC分类号： C12Q1/6837 ,  B01J19/0046 ,  B01J2219/00432 ,  B01J2219/00529 ,  B01J2219/00605 ,  B01J2219/00608 ,  B01J2219/00612 ,  B01J2219/00617 ,  B01J2219/00626 ,  B01J2219/00644 ,  B01J2219/00659 ,  B01J2219/00711 ,  B01J2219/00722 ,  B82Y30/00 ,  C07B2200/11 ,  C07H21/00 ,  C12Q1/6874 ,  C12Q1/6876 ,  C12Q2600/106 ,  C12Q2600/156 ,  C12Q2600/172 ,  C40B40/06 ,  C40B60/14

摘要： The invention provides arrays of immobilized probes, and methods employing the arrays, for detecting mutations in the biotransformation genes, such as cytochromes P450. For example, one such array comprises four probe sets. A first probe set comprises a plurality of probes, each probe comprising a segment of at least three nucleotides exactly complementary to a subsequence of a reference sequence from a biotransformation gene, the segment including at least one interrogation position complementary to a corresponding nucleotide in the reference sequence. Second, third and fourth probe sets each comprise a corresponding probe for each probe in the first probe set. The probes in the second, third and fourth probe sets are identical to a sequence comprising the corresponding probe from the first probe set or a subsequence of at least three nucleotides thereof that includes the at least one interrogation position, except that the at least one interrogation position is occupied by a different nucleotide in each of the four corresponding probes from the four probe sets.

摘要翻译： 本发明提供了固定化探针的阵列，以及采用该阵列的方法，用于检测生物转化基因如细胞色素P450中的突变。 例如，一个这样的阵列包括四个探针组。 第一探针组包含多个探针，每个探针包含与来自生物转化基因的参考序列的亚序列完全互补的至少三个核苷酸的片段，该片段包含与参考文献中的相应核苷酸互补的至少一个询问位置 序列。 第二，第三和第四探针组各自包括在第一探针组中的每个探针的相应探针。 第二，第三和第四探针组中的探针与包含来自第一探针组的相应探针或包含至少一个询问位置的至少三个核苷酸的亚序列的序列相同，除了至少一个询问 位置由来自四个探针组的四个相应探针中的每一个中的不同核苷酸占据。

公开(公告)号：US20060063158A1

公开(公告)日：2006-03-23

申请号：US10942364

申请日：2004-09-16

申请人： Shoulian Dong ,  Robert Lipshutz ,  David Lockhart

发明人： Shoulian Dong ,  Robert Lipshutz ,  David Lockhart

IPC分类号： C12Q1/68

CPC分类号： C12Q1/6837 ,  C12Q1/6855 ,  C12Q1/6858 ,  C12Q2600/156 ,  Y10S977/924 ,  C12Q2531/113 ,  C12Q2525/191 ,  C12Q2521/313 ,  C12Q2563/143

摘要： The present invention provides for novel methods of sample preparation and analysis involving reproducibly reducing the complexity of a nucleic sample. The invention further provides for analysis of the above sample by hybridization to an array which may be specifically designed to interrogate the desired fragments for particular characteristics, such as, for example, the presence or absence of a polymorphism. The invention further provides for novel methods of using a computer system to model enzymatic reactions in order to determine experimental conditions before conducting actual experiments.

摘要翻译： 本发明提供了重复地降低核酸样品的复杂性的样品制备和分析的新方法。 本发明进一步提供了通过与阵列的杂交来分析上述样品，所述阵列可被特别设计成询问特定特征的期望片段，例如多态性的存在或不存在。 本发明进一步提供了使用计算机系统来模拟酶反应以便在进行实际实验之前确定实验条件的新方法。

公开(公告)号：US20050208517A1

公开(公告)日：2005-09-22

申请号：US10985032

申请日：2004-11-10

申请人： Stephen Fodor ,  Robert Lipshutz ,  Xiaohua Huang

发明人： Stephen Fodor ,  Robert Lipshutz ,  Xiaohua Huang

IPC分类号： C12N15/09 ,  B01J19/00 ,  C07B61/00 ,  C07H21/00 ,  C07H21/04 ,  C12M1/00 ,  C12M1/34 ,  C12Q1/02 ,  C12Q1/68 ,  C12Q1/6827 ,  C12Q1/6837 ,  C12Q1/6869 ,  C12Q1/6874 ,  C40B40/06 ,  C40B60/14 ,  G01N21/77 ,  G01N21/78 ,  G01N33/53 ,  G01N33/58 ,  G01N37/00

CPC分类号： C12Q1/6827 ,  B01J19/0046 ,  B01J2219/00432 ,  B01J2219/00497 ,  B01J2219/00527 ,  B01J2219/00529 ,  B01J2219/00576 ,  B01J2219/00585 ,  B01J2219/00596 ,  B01J2219/00605 ,  B01J2219/00608 ,  B01J2219/00612 ,  B01J2219/00617 ,  B01J2219/00626 ,  B01J2219/00637 ,  B01J2219/00659 ,  B01J2219/00675 ,  B01J2219/00689 ,  B01J2219/00711 ,  B01J2219/00722 ,  B82Y30/00 ,  C07B2200/11 ,  C07H21/00 ,  C12Q1/6837 ,  C12Q1/6869 ,  C12Q1/6874 ,  C12Q2600/156 ,  C40B40/06 ,  C40B60/14 ,  G16B25/00 ,  C12Q2565/513 ,  C12Q2525/186 ,  C12Q2565/501 ,  C12Q2565/518 ,  C12Q2525/161 ,  C12Q2525/204

摘要： Devices and techniques for hybridization of nucleic acids and for determining the sequence of nucleic acids. Arrays of nucleic acids are formed by techniques, preferably high resolution, light-directed techniques. Positions of hybridization of a target nucleic acid are determined by, e.g., epifluorescence microscopy. Devices and techniques are proposed to determine the sequence of a target nucleic acid more efficiently and more quickly through such synthesis and detection techniques.

摘要翻译： 用于核酸杂交和用于确定核酸序列的装置和技术。 核酸序列通过技术，优选高分辨率，光导技术形成。 通过例如落射荧光显微镜测定靶核酸的杂交位置。 提出了设备和技术，以通过这种合成和检测技术更有效和更快地确定目标核酸的序列。

公开(公告)号：US20050202504A1

公开(公告)日：2005-09-15

申请号：US11124575

申请日：2005-05-06

申请人： Rolfe Anderson ,  Robert Lipshutz ,  Richard Rava ,  Stephen Fodor

发明人： Rolfe Anderson ,  Robert Lipshutz ,  Richard Rava ,  Stephen Fodor

IPC分类号： B01F11/02 ,  B01F13/00 ,  B01F13/08 ,  B01L3/00 ,  B01L7/00 ,  C12Q1/68 ,  C12M1/34 ,  C12N1/08

CPC分类号： B01L7/52 ,  B01F11/0071 ,  B01F11/0266 ,  B01F13/005 ,  B01F13/0059 ,  B01F13/0062 ,  B01F13/0071 ,  B01F13/0222 ,  B01F13/08 ,  B01F13/0809 ,  B01F2215/0037 ,  B01F2215/0073 ,  B01L3/5027 ,  B01L3/502707 ,  B01L3/502715 ,  B01L3/502723 ,  B01L3/50273 ,  B01L3/502738 ,  B01L3/502746 ,  B01L3/502753 ,  B01L3/502784 ,  B01L7/525 ,  B01L2200/0621 ,  B01L2200/0673 ,  B01L2200/10 ,  B01L2300/0645 ,  B01L2300/0816 ,  B01L2300/0861 ,  B01L2300/087 ,  B01L2300/0883 ,  B01L2300/16 ,  B01L2300/1827 ,  B01L2400/0481 ,  B01L2400/0487 ,  B01L2400/0655 ,  B01L2400/086

摘要： The present invention provides a miniaturized integrated nucleic acid diagnostic device and system.

摘要翻译： 本发明提供了一种小型化的综合核酸诊断装置和系统。