公开(公告)号：US20060229824A1

公开(公告)日：2006-10-12

申请号：US11367800

申请日：2006-03-03

申请人： Maureen Cronin ,  Charles Miyada ,  Earl Hubbell ,  Mark Chee ,  Stephen Fodor ,  Xiaohua Huang ,  Robert Lipshutz ,  Peter Lobban ,  MacDonald Morris ,  Edward Sheldon

发明人： Maureen Cronin ,  Charles Miyada ,  Earl Hubbell ,  Mark Chee ,  Stephen Fodor ,  Xiaohua Huang ,  Robert Lipshutz ,  Peter Lobban ,  MacDonald Morris ,  Edward Sheldon

IPC分类号： G06F19/00

CPC分类号： C12Q1/6837 ,  B01J19/0046 ,  B01J2219/00432 ,  B01J2219/00529 ,  B01J2219/00605 ,  B01J2219/00608 ,  B01J2219/00612 ,  B01J2219/00617 ,  B01J2219/00626 ,  B01J2219/00644 ,  B01J2219/00659 ,  B01J2219/00711 ,  B01J2219/00722 ,  B82Y30/00 ,  C07B2200/11 ,  C07H21/00 ,  C12Q1/6874 ,  C12Q1/6876 ,  C12Q2600/106 ,  C12Q2600/156 ,  C12Q2600/172 ,  C40B40/06 ,  C40B60/14

摘要： The invention provides arrays of immobilized probes, and methods employing the arrays, for detecting mutations in the biotransformation genes, such as cytochromes P450. For example, one such array comprises four probe sets. A first probe set comprises a plurality of probes, each probe comprising a segment of at least three nucleotides exactly complementary to a subsequence of a reference sequence from a biotransformation gene, the segment including at least one interrogation position complementary to a corresponding nucleotide in the reference sequence. Second, third and fourth probe sets each comprise a corresponding probe for each probe in the first probe set. The probes in the second, third and fourth probe sets are identical to a sequence comprising the corresponding probe from the first probe set or a subsequence of at least three nucleotides thereof that includes the at least one interrogation position, except that the at least one interrogation position is occupied by a different nucleotide in each of the four corresponding probes from the four probe sets.

摘要翻译： 本发明提供了固定化探针的阵列，以及采用该阵列的方法，用于检测生物转化基因如细胞色素P450中的突变。 例如，一个这样的阵列包括四个探针组。 第一探针组包含多个探针，每个探针包含与来自生物转化基因的参考序列的亚序列完全互补的至少三个核苷酸的片段，该片段包含与参考文献中的相应核苷酸互补的至少一个询问位置 序列。 第二，第三和第四探针组各自包括在第一探针组中的每个探针的相应探针。 第二，第三和第四探针组中的探针与包含来自第一探针组的相应探针或包含至少一个询问位置的至少三个核苷酸的亚序列的序列相同，除了至少一个询问 位置由来自四个探针组的四个相应探针中的每一个中的不同核苷酸占据。

公开(公告)号：US20060172327A1

公开(公告)日：2006-08-03

申请号：US11325809

申请日：2006-01-05

申请人： William Dower ,  Stephen Fodor

发明人： William Dower ,  Stephen Fodor

IPC分类号： C12Q1/68 ,  C07H21/04

CPC分类号： B01J19/0046 ,  B01J2219/00315 ,  B01J2219/00432 ,  B01J2219/00434 ,  B01J2219/00436 ,  B01J2219/00459 ,  B01J2219/00468 ,  B01J2219/00475 ,  B01J2219/005 ,  B01J2219/00527 ,  B01J2219/00529 ,  B01J2219/00531 ,  B01J2219/00585 ,  B01J2219/0059 ,  B01J2219/00596 ,  B01J2219/00605 ,  B01J2219/00608 ,  B01J2219/0061 ,  B01J2219/00612 ,  B01J2219/00621 ,  B01J2219/00626 ,  B01J2219/00637 ,  B01J2219/00648 ,  B01J2219/00659 ,  B01J2219/00689 ,  B01J2219/00695 ,  B01J2219/00711 ,  B01J2219/00722 ,  B01J2219/00725 ,  B01L7/52 ,  B82Y10/00 ,  B82Y30/00 ,  C07B2200/11 ,  C07H19/10 ,  C07H21/00 ,  C07K1/042 ,  C07K1/045 ,  C07K17/06 ,  C07K17/14 ,  C12Q1/6804 ,  C12Q1/6809 ,  C12Q1/6816 ,  C12Q1/6823 ,  C12Q1/6837 ,  C12Q1/6869 ,  C12Q1/6874 ,  C12Q2535/101 ,  C40B40/06 ,  C40B40/10 ,  C40B60/14 ,  G01N15/1475 ,  G03F7/00 ,  G03F7/26 ,  G03F7/265 ,  G03F7/38 ,  G11C13/0014 ,  G11C13/0019 ,  C12Q2537/157 ,  C12Q2533/101 ,  C12Q2565/537 ,  C12Q2563/107 ,  C12Q2565/513 ,  C12Q2537/143 ,  C12Q2565/518

摘要： Means for simultaneous parallel sequence analysis of a large number of biological polymer macromolecules. Apparatus and methods may use fluorescent labels in repetitive chemistry to determine terminal monomers on solid phase immobilized polymers. Reagents which specifically recognize terminal monomers are used to label polymers at defined positions on a solid substrate.

摘要翻译： 用于同时并行序列分析大量生物聚合物大分子的方法。 装置和方法可以在重复化学中使用荧光标记物来测定固相固定化聚合物上的末端单体。 专门识别末端单体的试剂用于在固体基质上的限定位置上标记聚合物。

公开(公告)号：US20050239114A1

公开(公告)日：2005-10-27

申请号：US11101043

申请日：2005-04-06

申请人： Jekwan Ryu ,  Richard Rava ,  Stephen Fodor

发明人： Jekwan Ryu ,  Richard Rava ,  Stephen Fodor

IPC分类号： C12Q1/68 ,  G01N21/64 ,  G01N33/48 ,  G01N33/50 ,  G06F19/00 ,  G06K9/00

CPC分类号： G01N21/6456 ,  B01J2219/00576 ,  B01J2219/00722 ,  B01J2219/00729 ,  G01N21/6452 ,  G01N2201/06113

摘要： The present invention provides methods and devices for high sensitivity and high speed microarray optical imaging. The methods include using patterned excitation to obtain a series of images and analyzing the images to resolve probe intensities which reflect the hybridization or binding between target and probes. Probe feature information and patterned excitation (structured illumination) information are incorporated into the analysis.

摘要翻译： 本发明提供用于高灵敏度和高速微阵列光学成像的方法和装置。 所述方法包括使用图案化激发以获得一系列图像并分析图像以分辨反映靶和探针之间的杂交或结合的探针强度。 探头特征信息和图案激发（结构照明）信息被并入到分析中。

公开(公告)号：US20050239113A1

公开(公告)日：2005-10-27

申请号：US11101019

申请日：2005-04-06

申请人： Jekwan Ryu ,  Richard Rava ,  Stephen Fodor

发明人： Jekwan Ryu ,  Richard Rava ,  Stephen Fodor

IPC分类号： C12Q1/68 ,  G01N21/64 ,  G01N33/48 ,  G01N33/50 ,  G06F19/00 ,  G06K9/00

CPC分类号： G01N21/6456 ,  B01J2219/00576 ,  B01J2219/00722 ,  B01J2219/00729 ,  G01N21/6452 ,  G01N2201/06113

摘要： The present invention provides methods and devices for high sensitivity and high speed microarray optical imaging. The methods include using patterned excitation to obtain a series of images and analyzing the images to resolve probe intensities which reflect the hybridization or binding between target and probes. Probe feature information and patterned excitation (structured illumination) information are incorporated into the analysis.

摘要翻译： 本发明提供用于高灵敏度和高速微阵列光学成像的方法和装置。 所述方法包括使用图案化激发以获得一系列图像并分析图像以分辨反映靶和探针之间的杂交或结合的探针强度。 探头特征信息和图案激发（结构照明）信息被并入到分析中。

公开(公告)号：US20050181403A1

公开(公告)日：2005-08-18

申请号：US11044834

申请日：2005-01-26

申请人： Richard Rava ,  Stephen Fodor ,  Mark Trulson ,  Vernon Norviel

发明人： Richard Rava ,  Stephen Fodor ,  Mark Trulson ,  Vernon Norviel

IPC分类号： B01J19/00 ,  B01L3/00 ,  C12M1/34 ,  C12Q1/68 ,  C12Q1/70 ,  C40B40/06 ,  C40B60/14 ,  G01N21/64 ,  G01N35/00 ,  G01N35/02 ,  G01N33/48 ,  G01N33/50 ,  G06F19/00

CPC分类号： B01L3/5027 ,  B01J19/0046 ,  B01J2219/00286 ,  B01J2219/00315 ,  B01J2219/00317 ,  B01J2219/00432 ,  B01J2219/00527 ,  B01J2219/00529 ,  B01J2219/00576 ,  B01J2219/00605 ,  B01J2219/00608 ,  B01J2219/0061 ,  B01J2219/00612 ,  B01J2219/00617 ,  B01J2219/00619 ,  B01J2219/00621 ,  B01J2219/00626 ,  B01J2219/00637 ,  B01J2219/00639 ,  B01J2219/00659 ,  B01J2219/00662 ,  B01J2219/00702 ,  B01J2219/00707 ,  B01J2219/00722 ,  B01L3/5085 ,  B01L3/50853 ,  B01L2300/041 ,  B01L2300/044 ,  B01L2300/046 ,  B01L2300/0636 ,  B01L2300/0819 ,  B01L2300/0829 ,  B01L2400/0683 ,  C12Q1/6837 ,  C40B40/06 ,  C40B60/14 ,  G01N21/64 ,  G01N35/028 ,  G01N2035/00158

摘要： Methods for concurrently processing multiple biological chip assays by providing a biological chip plate comprising a plurality of test wells, each test well having a biological chip having a molecular probe array; introducing samples into the test wells, subjecting the biological chip plate to manipulation by a fluid handling device that automatically performs steps to carry out reactions between target molecules in the samples and probes; and subjecting the biological chip plate to a biological chip plate reader that interrogates the probe arrays to detect any reactions between target molecules and probes.

公开(公告)号：US20050148027A1

公开(公告)日：2005-07-07

申请号：US10997439

申请日：2004-11-23

申请人： Michael Pirrung ,  J. Read ,  Stephen Fodor ,  Lubert Stryer

发明人： Michael Pirrung ,  J. Read ,  Stephen Fodor ,  Lubert Stryer

IPC分类号： G01N33/48 ,  B01J19/00 ,  B01J19/08 ,  B01L7/00 ,  B05D3/00 ,  C07B51/00 ,  C07B61/00 ,  C07C229/14 ,  C07C229/16 ,  C07C231/02 ,  C07C237/22 ,  C07D263/44 ,  C07D317/62 ,  C07H19/04 ,  C07H19/10 ,  C07H21/00 ,  C07K1/04 ,  C07K1/06 ,  C07K7/06 ,  C07K14/00 ,  C07K16/00 ,  C07K17/02 ,  C07K17/06 ,  C07K17/08 ,  C07K17/14 ,  C08F2/46 ,  C12M1/34 ,  C12Q1/68 ,  C40B30/04 ,  C40B40/06 ,  C40B40/10 ,  C40B60/14 ,  G01N1/30 ,  G01N15/14 ,  G01N21/25 ,  G01N21/64 ,  G01N33/53 ,  G01N33/533 ,  G01N33/536 ,  G01N33/541 ,  G01N33/543 ,  G01N33/566 ,  G01N33/58 ,  G01N37/00 ,  G03F7/00 ,  G03F7/26 ,  G03F7/38 ,  G11C13/02 ,  H01L21/98 ,  C07K1/02

CPC分类号： C08G69/00 ,  B01J19/0046 ,  B01J2219/00315 ,  B01J2219/00432 ,  B01J2219/00434 ,  B01J2219/00436 ,  B01J2219/00459 ,  B01J2219/00468 ,  B01J2219/00475 ,  B01J2219/005 ,  B01J2219/00527 ,  B01J2219/00529 ,  B01J2219/00531 ,  B01J2219/00585 ,  B01J2219/0059 ,  B01J2219/00596 ,  B01J2219/00605 ,  B01J2219/00608 ,  B01J2219/0061 ,  B01J2219/00612 ,  B01J2219/00617 ,  B01J2219/00619 ,  B01J2219/00621 ,  B01J2219/00626 ,  B01J2219/00637 ,  B01J2219/00639 ,  B01J2219/00648 ,  B01J2219/00659 ,  B01J2219/00689 ,  B01J2219/00695 ,  B01J2219/00711 ,  B01J2219/00722 ,  B01J2219/00725 ,  B01L7/52 ,  B82Y10/00 ,  B82Y30/00 ,  C07B2200/11 ,  C07C229/14 ,  C07C229/16 ,  C07D263/44 ,  C07D317/62 ,  C07H19/04 ,  C07H19/10 ,  C07H21/00 ,  C07K1/04 ,  C07K1/042 ,  C07K1/045 ,  C07K1/047 ,  C07K1/062 ,  C07K7/06 ,  C07K17/06 ,  C07K17/14 ,  C12Q1/6809 ,  C12Q1/6816 ,  C12Q1/6837 ,  C12Q1/6874 ,  C40B40/06 ,  C40B40/10 ,  C40B60/14 ,  C40B80/00 ,  G01N15/1475 ,  G01N21/253 ,  G01N21/6428 ,  G01N21/6452 ,  G03F7/00 ,  G03F7/26 ,  G03F7/265 ,  G03F7/38 ,  G11C13/0014 ,  G11C13/0019 ,  H01L25/50 ,  H01L2924/0002 ,  Y02P20/55 ,  Y10S435/961 ,  Y10S435/968 ,  Y10S435/969 ,  Y10S435/973 ,  Y10S436/807 ,  Y10S436/809 ,  Y10T428/31971 ,  Y10T436/2575 ,  H01L2924/00

摘要： A method and apparatus for preparation of a substrate containing a plurality of sequences. Photoremovable groups are attached to a surface of a substrate. Selected regions of the substrate are exposed to light so as to activate the selected areas. A monomer, also containing a photoremovable group, is provided to the substrate to bind at the selected areas. The process is repeated using a variety of monomers such as amino acids until sequences of a desired length are obtained. Detection methods and apparatus are also disclosed.

公开(公告)号：US20050123907A1

公开(公告)日：2005-06-09

申请号：US10997492

申请日：2004-11-24

申请人： Richard Rava ,  Stephen Fodor ,  Mark Trulson ,  Vernon Norviel

发明人： Richard Rava ,  Stephen Fodor ,  Mark Trulson ,  Vernon Norviel

IPC分类号： B01J19/00 ,  B01L3/00 ,  C12M1/34 ,  C12Q1/68 ,  C12Q1/70 ,  C40B40/06 ,  C40B60/14 ,  G01N21/64 ,  G01N35/00 ,  G01N35/02 ,  G01N33/48 ,  G01N33/50 ,  G06F19/00

CPC分类号： B01L3/5027 ,  B01J19/0046 ,  B01J2219/00286 ,  B01J2219/00315 ,  B01J2219/00317 ,  B01J2219/00432 ,  B01J2219/00527 ,  B01J2219/00529 ,  B01J2219/00576 ,  B01J2219/00605 ,  B01J2219/00608 ,  B01J2219/0061 ,  B01J2219/00612 ,  B01J2219/00617 ,  B01J2219/00619 ,  B01J2219/00621 ,  B01J2219/00626 ,  B01J2219/00637 ,  B01J2219/00639 ,  B01J2219/00659 ,  B01J2219/00662 ,  B01J2219/00702 ,  B01J2219/00707 ,  B01J2219/00722 ,  B01L3/5085 ,  B01L3/50853 ,  B01L2300/041 ,  B01L2300/044 ,  B01L2300/046 ,  B01L2300/0636 ,  B01L2300/0819 ,  B01L2300/0829 ,  B01L2400/0683 ,  C12Q1/6837 ,  C40B40/06 ,  C40B60/14 ,  G01N21/64 ,  G01N35/028 ,  G01N2035/00158

摘要： Methods for concurrently processing multiple biological chip assays by providing a biological chip plate comprising a plurality of test wells, each test well having a biological chip having a molecular probe array; introducing samples into the test wells; subjecting the biological chip plate to manipulation by a fluid handling device that automatically performs steps to carry out reactions between target molecules in the samples and probes; and subjecting the biological chip plate to a biological chip plate reader that interrogates the probe arrays to detect any reactions between target molecules and probes.

摘要翻译： 通过提供包括多个测试孔的生物芯片板同时处理多个生物芯片测定的方法，每个测试孔具有具有分子探针阵列的生物芯片; 将样品引入测试井; 使生物芯片板通过流体处理装置进行操作，所述流体处理装置自动执行步骤以进行样品和探针中的靶分子之间的反应; 并将生物芯片板经受询问探针阵列的生物芯片读板器，以检测靶分子和探针之间的任何反应。

公开(公告)号：US20050112676A1

公开(公告)日：2005-05-26

申请号：US10993432

申请日：2004-11-22

申请人： Stephen Fodor ,  Dennis Solas ,  William Dower

发明人： Stephen Fodor ,  Dennis Solas ,  William Dower

IPC分类号： B01J19/00 ,  C07B61/00 ,  C07H19/10 ,  C07H21/00 ,  C07K1/04 ,  C07K17/06 ,  C07K17/14 ,  C12Q1/68 ,  C40B40/06 ,  C40B40/10 ,  C40B60/14 ,  G01N15/14 ,  G03F7/00 ,  G03F7/26 ,  G03F7/38 ,  G11C13/02 ,  G01N33/53 ,  G01N33/542

CPC分类号： G03F7/00 ,  B01J19/0046 ,  B01J2219/00315 ,  B01J2219/00432 ,  B01J2219/00434 ,  B01J2219/00436 ,  B01J2219/00459 ,  B01J2219/00468 ,  B01J2219/00475 ,  B01J2219/005 ,  B01J2219/00527 ,  B01J2219/00529 ,  B01J2219/00531 ,  B01J2219/00585 ,  B01J2219/0059 ,  B01J2219/00596 ,  B01J2219/00605 ,  B01J2219/00608 ,  B01J2219/0061 ,  B01J2219/00612 ,  B01J2219/00617 ,  B01J2219/00626 ,  B01J2219/0063 ,  B01J2219/00637 ,  B01J2219/00641 ,  B01J2219/00648 ,  B01J2219/00659 ,  B01J2219/00689 ,  B01J2219/00695 ,  B01J2219/00711 ,  B01J2219/00722 ,  B01J2219/00725 ,  B82Y10/00 ,  B82Y30/00 ,  C07B2200/11 ,  C07H19/10 ,  C07H21/00 ,  C07K1/042 ,  C07K1/045 ,  C07K17/06 ,  C07K17/14 ,  C12Q1/6804 ,  C12Q1/6809 ,  C12Q1/6816 ,  C12Q1/6827 ,  C12Q1/6834 ,  C12Q1/6837 ,  C12Q1/6874 ,  C40B40/06 ,  C40B40/10 ,  C40B60/14 ,  G01N15/1475 ,  G03F7/265 ,  G03F7/38 ,  G11C13/0014 ,  G11C13/0019 ,  C12Q2565/513 ,  C12Q2565/507 ,  C12Q2545/101 ,  C12Q2525/185 ,  C12Q2565/514 ,  C12Q2563/173 ,  C12Q2563/119 ,  C12Q2563/149 ,  C12Q2525/151 ,  C12Q2525/179 ,  C12Q2525/204

摘要： The present invention provides methods and apparatus for sequencing, fingerprinting and mapping biological macromolecules, typically biological polymers. The methods make use of a plurality of sequence specific recognition reagents which can also be used for classification of biological samples, and to characterize their sources.

摘要翻译： 本发明提供了用于测序，指纹和绘制生物大分子（通常为生物聚合物）的方法和装置。 该方法利用多种序列特异性识别试剂，其也可用于生物样品的分类和表征其来源。

公开(公告)号：US20050095638A1

公开(公告)日：2005-05-05

申请号：US10992334

申请日：2004-11-19

申请人： Stephen Fodor ,  Lubert Stryer

发明人： Stephen Fodor ,  Lubert Stryer

IPC分类号： C07B61/00 ,  C07K1/04 ,  C12N15/10 ,  C12Q1/68 ,  G01N33/53 ,  G01N33/543

CPC分类号： C12N15/1034 ,  C07K1/047 ,  C40B40/00

摘要： A method and library for determining the sequence of monomers in a polymer which is complementary to a receptor. The method provides for formation of pooled (6) and separate (10, 12) products. Separate products are subjected only to subsequent pooled coupling steps. Each pooled product is subsequently divided for formation of pooled and separate products. The resulting polymer library includes groups of polymer products. A first group of products (42) is used to identify the monomer at a first location in a polymer that is complementary to a receptor. A second group of products (44) is used to identify the monomer at a second location in a polymer that is complementary to a receptor.

摘要翻译： 用于测定与受体互补的聚合物中的单体序列的方法和文库。 该方法提供合并（6）和分离（10,12）产物的形成。 单独的产品仅受到后续的联合耦合步骤的影响。 随后将每个合并产品分开以形成合并和分离的产品。 所得聚合物文库包括聚合物产物组。 第一组产物（42）用于在与受体互补的聚合物中的第一位置处鉴定单体。 第二组产物（44）用于在与受体互补的聚合物中的第二位置处鉴定单体。

公开(公告)号：US20050053928A9

公开(公告)日：2005-03-10

申请号：US10125530

申请日：2002-04-19

申请人： Stephen Fodor ,  Dennis Solas ,  William Dower

发明人： Stephen Fodor ,  Dennis Solas ,  William Dower

IPC分类号： B01J19/00 ,  C07B61/00 ,  C07H19/10 ,  C07H21/00 ,  C07K1/04 ,  C07K17/06 ,  C07K17/14 ,  C12Q1/68 ,  C40B40/06 ,  C40B40/10 ,  C40B60/14 ,  G01N15/14 ,  G03F7/00 ,  G03F7/26 ,  G03F7/38 ,  G11C13/02 ,  C12M1/34 ,  G01N33/53 ,  G01N33/542

CPC分类号： G03F7/00 ,  B01J19/0046 ,  B01J2219/00315 ,  B01J2219/00432 ,  B01J2219/00434 ,  B01J2219/00436 ,  B01J2219/00459 ,  B01J2219/00468 ,  B01J2219/00475 ,  B01J2219/005 ,  B01J2219/00527 ,  B01J2219/00529 ,  B01J2219/00531 ,  B01J2219/00585 ,  B01J2219/0059 ,  B01J2219/00596 ,  B01J2219/00605 ,  B01J2219/00608 ,  B01J2219/0061 ,  B01J2219/00612 ,  B01J2219/00617 ,  B01J2219/00626 ,  B01J2219/0063 ,  B01J2219/00637 ,  B01J2219/00641 ,  B01J2219/00648 ,  B01J2219/00659 ,  B01J2219/00689 ,  B01J2219/00695 ,  B01J2219/00711 ,  B01J2219/00722 ,  B01J2219/00725 ,  B82Y10/00 ,  B82Y30/00 ,  C07B2200/11 ,  C07H19/10 ,  C07H21/00 ,  C07K1/042 ,  C07K1/045 ,  C07K17/06 ,  C07K17/14 ,  C12Q1/6804 ,  C12Q1/6809 ,  C12Q1/6816 ,  C12Q1/6827 ,  C12Q1/6834 ,  C12Q1/6837 ,  C12Q1/6874 ,  C40B40/06 ,  C40B40/10 ,  C40B60/14 ,  G01N15/1475 ,  G03F7/265 ,  G03F7/38 ,  G11C13/0014 ,  G11C13/0019 ,  C12Q2565/513 ,  C12Q2565/507 ,  C12Q2545/101 ,  C12Q2525/185 ,  C12Q2565/514 ,  C12Q2563/173 ,  C12Q2563/119 ,  C12Q2563/149 ,  C12Q2525/151 ,  C12Q2525/179 ,  C12Q2525/204

摘要： The present invention provides methods and apparatus for sequencing, fingerprinting and mapping biological macromolecules, typically biological polymers. The methods make use of a plurality of sequence specific recognition reagents which can also be used for classification of biological samples, and to characterize their sources.